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대통령 암살 음모 대통령 전용기 조종사가 대통령과 식사를 하고 쓰러져 사망한다. 이 사건에 정보국, FBI, NCIS가 개입을 하는데 죽은 장교가 해군이었던 관계로 NCIS의 깁스와 요원들이 투입된다. 그러나 사법권을 놓고 처음부터 삐걱거리는데 노련한 깁스요원의 기지로 일단 전용기에는 NCIS요원들과 정보국의 토드요원만이 남게 된다. 한편 원래 전용기를 조종하기로 되어있던 케리소령도 토드요원과 만난 후 워싱턴에서 같은 증세로 죽음을 맞는데 일단 사체를 빼돌려 부검을 한 NCIS팀은 천신 만고 끝에 장교들이 알카이다가 제복에 묻힌 독사의 독 때문에 사망한 사실을 알게 되고 대통령 전용기로 이동을 하던 깁스요원과 토드요원은 기자로 수년간 위장해온 테러범을 잡는데 성공한다. 그러나 상부의 명령을 어겼던 토드요원은 사직을 하고 대신 깁스로부터 NCIS에 와서 함RP 일 하자는 제안을 받게 되는데...