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에비의 비밀 (Bloodbath) 해군 기지 앞 호텔에서 살인 사건 현장으로 보이는, 핏빛으로 물든 처참한 객실이 발견된다. 끔찍한 일이 벌어졌을 것 같은 사건 현장이나 피해자의 시체는 보이지 않자, 현장에서 얻은 피해자 사체의 일부와 현장 사진 등을 토대로 힘든 수사를 시작하는 NCIS. 사체의 잔해들을 분석한 후 사건 피해자가 세 명 이상일 거라고 결론 내린 더키의 분석에 디노조는 살인 현장이 누군가의 조작에 의한 것이며, 실제 살해 현장은 아니라는 사실을 주장한다. 이때 에비의 실험실에서 청산가스가 발생하는 사고가 터지고 결국 팀은 누군가가 에비의 죽음을 노리는 것으로 결론짓고 에비의 과거를 조사한다. 그리고 에비의 비밀을 알아낸 팀은 에비의 적이 에비를 해치기 전에 에비를 보호하기 위해 전력을 다한다.